I microrganismi del suolo sono indispensabili per il funzionamento dei cicli di materia ed energia,per la fertilità dei suoli e la nutrizione delle piante. Molti studi hanno dimostrato che conl’introduzione delle piante GM, eventi inattesi possono verificarsi a carico di organismi non-target benefici – batteri del suolo e funghi – che rivestono un ruolo fondamentale nei cicli biogeochimici.

La maggior parte degli studi disponibili riguarda piante modificate per produrre proteine insetticide,come le tossine prodotte da un microrganismo del suolo, Bacillus thuringensis, denominate Bt, che sono attive contro Lepidotteri, Ditteri e Coleotteri. Uno dei lavori più citati riguarda un evento inatteso ed imprevedibile: il rilascio della tossina Bt dalle radici di mais transgenico (Bt) nella rizosfera, dove mantiene la sua attività per almeno 234 giorni, in quanto capace di legarsi alle particelle di argilla del suolo, dove è protetta dalla degradazione microbica.

La possibilità che le proteine transgeniche passino dalle radici al suolo attraverso gli essudati radicali è stata recentemente dimostrata in piante di melanzana GM capaci di produrre una tossina antimicrobica (defensina), che manteneva costante la sua attività anche dopo la raccolta degli essudati.

Lavori recenti, effettuati in microcosmo con una tecnica molecolare, hanno mostrato differenze nelle comunità batteriche rizosferiche tra piante di mais Bt 11 e Bt 176 e piante di controllo. Queste differenze sono state confermate dai successivi esperimenti fatti in serra. Alcuni autori hanno dimostrato che linee di patata GM che producono un’agglutinina di Galanthus nivalis e piante di Brassica napus resistenti all’erbicida glifosato modificano la composizione e la diversità delle comunità microbiche del suolo e della rizosfera.

Tali dati sono stati confermati da altri lavori che riportano cambiamenti, sia nella struttura, sia nell’attività della comunità microbica del suolo, causati dalla presenza di piante GM.