L’agricoltura organica non fa uso di pesticidi o fertilizzanti chimici di sintesi, nè di ingegneria genetica. In questo modo diminuisce sensibilmente l’inquinamento di aria e acqua, e anche la perdita di sostanze nutrienti. In Germania acquedotti municipalizzati hanno valutato che è più economico finanziare gli agricoltori perchè si orientino alla produzione biologica piuttosto che dover risanare corsi d’acqua inquinati dall’agricoltura intensiva.