In agricoltura biologica, la scelta dei prodotti e delle molecole utilizzabili è decisa in base alla loro origine, che deve essere naturale.

 Tale distinzione tra prodotti naturali e di sintesi è però vuota da un punto di vista scientifico e porta all’erronea conclusione che i secondi siano più tossici dei primi. Questo di fatto consente di usare in agricoltura biologica prodotti naturali che presentano tossicità superiori rispetto a quelle di diversi prodotti di sintesi (come nel caso del rotenone) o il cui impatto ambientale è rilevante come nel caso del solfato di vinaccia, del nitrato del Cile o del verderame.

Vi sono inoltre alcune patologie che non sono controllabili con sistemi biologici o per i quali vige la lotta obbligatoria che consente di mantenere la certificazione biologica pur utilizzando prodotti chimici di sintesi per il controllo dell’insetto o della patologia.

In taluni casi, l’impossibilità di usare diserbanti, rende necessario un maggior numero di lavorazioni meccaniche e per certe colture queste diventano onerose sia economicamente sia energeticamente, come nel caso del riso biologico.

Questi motivi rendono difficile la coltivazione biologica per molte specie agrarie, specialmente le commodity come il mais e la soia, la maggior parte delle coltivazioni è quindi confinata a specie di più facile gestione come alcune arboree (olivo) ed i pascoli e foraggi, che da soli costituiscono circa il 50% della superficie italiana a biologico.